A IPU tem, em caráter permanente, um Conselho de Doutrina e Ética, de natureza consultiva e jurisdicional, composto por um representante e um suplente de cada presbitério, cujo mandato sempre corresponderá ao mandato do Conselho Coordenador da IPU. O Conselho de Doutrina e Ética tem Moderador e Secretário, eleitos em sua primeira reunião, e em seu primeiro ato.

Os assuntos de ordem Ética, Teológica, Doutrinária, Litúrgica e outros, que exijam orientações ou decisões jurisdicionais para preservar a unidade da igreja e a plenitude da vida cristã serão encaminhados pelo Conselho Coordenador da IPU ao Conselho de Doutrina e Ética, por iniciativa própria ou por deferimento, a pedido de eclesianos, igrejas, presbitérios ou pastores. Se por parte dos legitimamente interessados, houver discordância quanto às resoluções do Conselho de Doutrina e Ética no tocante a matéria jurisdicional, a mesma será encaminhada para discussão e decisão à Assembléia Geral da IPU.

Em se tratando de matéria recursal, poderá o Conselho de Doutrina e Ética, mediante requerimento ou não, suspender liminarmente a decisão questionada até o julgamento do mérito, desde que estejam presentes os pressupostos exigidos: "O bom direito", "O perigo da demora", e "A reversibilidade". Tal efeito suspensivo tem natureza provisória, e como tal poderá perder sua eficácia, por decisão do Conselho de Doutrina e Ética, independentemente da contestação da parte oposta. O Conselho de Doutrina e Ética terá até 90 dias para responder às consultas e aos procedimentos jurisdicionais.

Os atuais membros do Conselho de Doutrina e Ética são:

Moderador: Rev. Ricardo Vasconcelos - PRNV

Secretário: Rev. Wilson Lords - PVTR

Rev. Luciano Fuly - PCRJ

Rev. Carlos Alberto da Silva - PJDI
Presb. Gilberto Daré - PSPL
Rev. Josué da Silva Mello - PSVD
Revda. Cacilene Nobre - PCNES